技术介绍丨转录组学技术路线及研究意义

• 植物生长机制的发现及干预；

• 炎症发生机制的发现及干预；

• 表达差异的研究；

• 基因点突变及多态性检测。 

案例分析

案例一：突变植株的基因GO分析 

为了进一步了解PIF4和PIF5基因调控的基因对LBL的反应，我们进行了全基因组mRNA-seq分析。WT和PIF4/PIF5双突变幼苗放入短波蓝光（LBL）或正常光（WL）中一段时间后，我们发现在WT幼苗中由LBL调控的基因在PIF4/PIF5双突变幼苗中被负调节。通过GO分析发现这些基因功能与 cell wall modification and organization, cell wall biogenesis, cell growth, and water responses这四个功能相关。

LBL和WL组中：FR引起全局基因表达的不同改变的GO分析

案例二 TREM2维持小胶质细胞健康代谢的研究 

通过对从携带TREM2突变的AD（阿尔茨海默病）患者中获得的小胶质细胞和从Trem2- / - （TREM2缺失）的小鼠中获得的小胶质细胞的研究，发现TREM2的功能缺陷会造成小胶质细胞中的自噬囊泡显著增多。通过代谢组学和mRNA测序，将Trem2-/- BMDM（小鼠骨髓来源的巨噬细 胞）细胞相对于WT BMDM细胞差异的基因和代谢物进行网络分析，下调的mRNA和代谢物用绿色连接线或绿色节点表示，上调的mRNA和代谢物用红色连接线或红色节点表示 。Trem2- / - BMDM中对称二甲基精氨酸明显增加，使得蛋白质分解代谢、ADP-核糖、NAD降解途径功能增 强。发现这种异常自噬现象产生的原因是小胶质细胞的mTOR信号通路出现异常，从而影响细胞的 ATP水平和生物合成通路。

转录和代谢关联分析图

参考文献 

[1] Pedmale U V, Huang S C, Zander M, et al. Cryptochromes Interact Directly with PIFs to Control Plant Growth in Limiting Blue Light.[J]. Cell, 2016, 164(1-2):233-245. 

[2] Ulland T K, Song W M, Huang S C, et al. TREM2 Maintains Microglial Metabolic Fitness in Alzheimer's Disease.[J]. Cell. 2017, 170(4):649-663.