代谢组学两种常见图形制作分享

分析网站链接：http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html

首先，进行网站，导入下图箭头所指相关案例数据。

上图箭头所指均可自由编辑哦，这里显示输入了6组不同数据集（网站目前上限数据集为6组哦~）。友情提醒，如果是代谢组学数据，那一般只需导入代谢物质名称或编号就可以啦。



韦恩分析结果展示如上图（左），如需调出右图中的单组对应信息内容，则鼠标左键点击选中相应数字即可，你说方不方便~



当然，如果只要三组数据集的韦恩图展示，那么，我们只需输入三个对应的list数据集就可以啦~，这不香嘛~



接下来，还可对图形进一步调整展示。比如：图形展现形式、图形字体类型、大小等，根据需求灵活调整就可以了。


 

最后，调试好分析出来的图形和表格结果进行本地下载保存，可千万别忘了哦~

 

Tips：如果需要展示的数据集超过6组的话，咋办？给大家推荐一个数据集合可视化神包—UpSetR，感兴趣的小伙伴们可自行搜索查询~

2.箱线图制作

分析代码包：ggplot2 & ggpubr

以iris数据集为例，首先在Rstudio里载入ggplot2和ggpubr两个包（相关包安装教程可参考：http://www.bioconductor.org/install/），同时查看下iris数据集的表头信息，这里选取"Sepal.Length"作为关注变量来绘制不同组间箱线图含量表达展示。



首先，绘制两组间的箱线图结果，如下图：




如果需要在图中显示不同的样本散点和横纵坐标标题，则代码添加如下：




 

有时需要在两组间添加检验计算的p值，这里以T检验为例，则只需添加计算函数stat_compare_means(method = "t.test")




当然，如果要把T检验的方法调整成秩和检验，则





 

倘若需做三组（或三组以上）箱线图展示，同时加上Kruskal-Wallis多组检验结果及post-hoc两两比较结果，则





最后，每组的分组颜色如果要自由定义设置，那么代码调整如下：








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