技术介绍 | 宏病毒组学

宏病毒组学(Viral Metagenomics)是宏基因组学的一个分支,是在宏基因组学概念的基础上,结合病毒自身的特点,如应用特殊方法把特定环境中所有病毒与其他微生物分开,然后提取的病毒核酸,用高通量技术进行病毒核酸测序(VLPmetagenomes),也可以不进行病毒与微生物分离并提取核酸进行测序(Bulk metagenomes),最后将测序结果与现有的核酸文库进行比对,并运用软件分析处理后，最终得到研究样品中病毒群落的组成信息。

 

技术路线

技术参数

样本要求

粪便：3-5g/sample

DNA：总量≥1µg、浓度≥100ng/µL

检测平台

测序平台：Illumina Nova Seq6000

测序策略：PE150

测序深度：10g/20G

常规项目周期

实验检测：20个自然日

数据分析：50个自然日

 

应用方向

1、噬菌体治疗

2、敏化抗生素抗性细菌

3、促发机体免疫从而保护宿主免受病毒感染等

 

案例分析
 

Landscapes of bacterial and metabolic signatures and their interaction in major depressive disorders

重度抑郁症疾病的宏基因组、宏病毒组和代谢组学研究

重度抑郁症（MDD）是一种常见的使人衰弱的精神障碍，与肠道微生物组密切相关，但人们对于其潜在机制，肠道病毒、肠道菌群和代谢组的变化以及它们之间是如何作用从而影响MDD知之甚少。本文使用全基因组鸟枪法的宏基因组学技术和基于GC-MS的非靶向代谢组学方法，对来自MDD和健康对照（HCs）患者的311分粪便样本进行检测，通过分析确定了有明显差异的 3 个噬菌体、47 个菌和 50 个代谢物，通过Random Forest建模，选出了对MDD和HCs有一定区分能力的潜在标志物组合，为深入了解肠道生态系统在MDD的作用及潜在机制研究提供了有力的依据。

图1 差异病毒、细菌和代谢物共发生网络

图2 随机森林模型

参考文献：Yang J, Zheng P, Li Y, etal.Landscapes of bacterial and metabolic signatures and their interaction in major depressive disorders. Sci Adv. 2020 Dec 2;6(49):eaba8555.