干货分享 | 实现通路与组学数据的结合，一个pathview就够啦！

01.Pathview包简介

R中的pathview包可以在相关通路图上映射并呈现用户数据，实现基于路径的数据集成和可视化。

1、数据集成：整合、分析和可视化多种生物数据，将基因表达、蛋白表达、代谢物水平、遗传关联、基因组变异等数据映射到通路上。

2、数据可视化：生成KEGG视图和Graphviz视图。

 

02.Pathview函数介绍

pathview包主要通过函数pathview()实现其功能，下面介绍一下该函数的常用参数。

 

 

03.代码实现

安装方法：

 

 

数据准备：

• cpd.data

 

 

• gene.data

 

 

 

 

 

 

04.Pathview网页版

网址：https://pathview.uncc.edu/

网页中有四个案例供参考，选择所需参数即可生成图片，有兴趣的小伙伴可以试一下。

 

 

代码下载链接：

https://pan.baidu.com/s/1GmPs5BALoMMFjlzGrp0KFg

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