干货分享 | 利用STRING联合Cytoscape绘制PPI网络图

简介

1.PPI

PPI（Protein-protein interaction），蛋白质-蛋白质相互作用。网络图中的节点代表蛋白质，连线表示两个蛋白质之间存在关联。蛋白质是基因表达的产物，通过了解蛋白质分子之间的关联性从而间接了解基因之间的相关性，进而挖掘核心的调控基因。

2.STRING数据库

STRING数据库是蛋白质相互作用的数据库，覆盖物种多，蛋白数量多。数据库目前包含14'094个物种和67'592'464 个蛋白质。其中string数据库中的数据来自包含Biocarta, BioCyc, GO, KEGG, and Reactome在内的5个数据库。关系得分表示可信度，分越高越可信。

3.CytoscapeCytoscape是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。其最强大的功能在于大规模蛋白质-蛋白质相互作用、蛋白质-DNA和遗传交互作用的分析。

 

数据准备

我们想要知道已知的多个蛋白之间的关联性，在这里我们选择案例#1作为示例。

• 打开STRING数据库——选择多个蛋白——输入蛋白——点击search——点击CONTINUE

• 这样我们就获取了输入蛋白之间的关联关系，我们将这张图以表格(string_interactions.tsv)的形式下载下来

• 具体的表格注释已写在表格中

使用cytoscape绘图

• 首先打开cytoscape软件，接下来我们将下载的表格(string_interactions.tsv)导入cytoscape当中

• 在导入的过程中，还有需要设置的部分

点击标题，确定每一列是节点属性还是线属性，也可设置这列的数据类型。如果这列是文字，选择ab，表示这一列是字符型；如果这列是数值，根据需要，选择整型或者浮点型；如果这列是布尔值，选择y/n。案例中我们使用默认选择。

• 表格导入之后就会自动生成网络图

这样的图还不是最终图，仍需要美化，这就体现了cytoscape的优势。

• 如何美化

节点的颜色、形状、字体修改。

如果提供的节点属性包含FC值和pvalue，我们可以根据FC设置节点的大小，FC值越大，节点越大；也或者根据pvalue值设置节点的由蓝到红的渐变等。

线的类型、颜色、粗细

总结

以上就是从STRING到PPI网络图的基本流程和简单操作。除了上述方法外，Cytoscape也可通过安装插件——stringApp的方法，来获取该数据库中的蛋白质之间的关联。不管哪种方法，最终目的都是获取PPI网络图。