干货连载 | 新版本SIMCA16教程来啦！

这里我们选择Scaling方式为Ctr，Par和UV也是可以的：
1.Ctr是将原数据转化成离原点更近的新数据，Ctr=x-x拔
2.UV是将所有变量拥有同等的重要性，UV=x-x拔/SD
3.Par相比UV更接近原始测量数据，Par=x-x拔/根号SD
这里可以根据数据情况选择合适的Scaling方式。

OPLS-DA分析（以L5 VS WT为例)






为了检验OPLS-DA有无过拟合，进行随机分组200次的置换检验。

VIP数值已导出，按照常规筛选差异物方法VIP>1 P<0.05，那还需要进行Students’t-test分析，获得P值，SIMCA也可以进行相应的分析，具体如下：

 

首先开启Omics skin功能（File-Options-Simca options-Skins-Enable Omics skin-Yes）。

第二步在Omics skin模式下进行P值的获取。

S-plot图除了常规筛选差异物方法VIP>1 P<0.05，也可以用S-plot来筛选Biomarkers。


截图中Ctr或Par方式下是呈S型的，UV是做出来是直线

功能小贴士

在PCA或OPLS-DA得分图中右击选择Format plot即可对图中的细节进行修改，各个选项的功能如下：

 

1.Axis选项卡可对横纵坐标轴线条粗细和颜色、标尺字体大小、横纵坐标标题内容、字体和大小等进行修改；

 

2.Gridlines选项卡可对网格线有无、粗细、颜色等进行修改；

 

3.Background选项卡可对背景进行修改;

 

4.Legend选项卡可对图例位置、字体、大小和颜色等进行修改；

 

5.Limits and regions可对置信区间椭圆线条格式、椭圆内外区域颜色等进行修改；

 

6.Labels可对图中样本标签名称的字体、大小、颜色、位置和与样本的距离等进行修改；

 

7.Styles可对图中样本形状和颜色等进行整理修改。

有些老师不想图中显示样本编号，或者样本名称太长，显示不全，可以通过右击Properties-Label types下进行修改。

今天SIMCA16小技能就分享到这里拉，关于SIMCA16还有其他很多分析功能，例如用SIMCA进行火山图的构建、PCA-Class、OPLS、OnPLS等分析，后续小编会一一给大家介绍哦，我们下期再见。