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国自然研究热点之组学在临床疾病的应用②

生活离不开柴米油盐酱醋茶，其中酱油是中国传统的调味品，主要是由大豆经过发酵酿造而成。酱油由酱演变而来，早在三千多年前，中国就有制作酱的记载了。

相信大多数的科研小伙伴在做研究时都遇到数据量过大，难以找到一个行之有效的方法对大量数据进行统计分析这一难题。百趣生物联合赛多利斯特邀资深行业专家来为大家分享，他们是如何在组学数据分析中解决这一问题，快来一起围观学习大咖的数据分析独家秘籍吧。ps：直播间更有福利大放送：SIMCA最新版SIMCA17 一个月试用版免费送。

非靶代谢组学+肠道菌群测序：改善乳腺癌相关性疲劳—针灸!

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肠道菌群，顾名思义，即寄居在肠道内微生物群落的总称。人体内充满了大量的共生微生物，包括细菌、病毒和真菌，统称为人类微生物群。

贝赛特氏症(Behçet's disease, BD)是一种慢性、复发性自身炎症性疾病，以多系统血管炎为特征，涉及皮肤、黏膜、眼睛、神经系统和关节。近些年来的研究表明，脂质代谢异常在自身免疫性疾病的炎症和进展中发挥作用。甘油三酯(Triglyceride, TAG)是一种中性脂类，由三种脂肪酸和一个甘油主链组成。

百趣代谢组学文献分享：2022年即将过去，随着疫苗的全面接种和三年以来“动态清零”的坚持，我们在应对新冠病毒如潮水般的攻击中取得了阶段性成果。虽然大家陆陆续续投入到正常的工作生活中，但是我们都知道新冠并未被“打败”，“战争”也并未过去。近日，Nature在线发表题为的“FXR inhibition may protect from SARS-CoV-2 infection by reducing ACE2”论文，表明熊脱氧胆酸或许有望成为新冠特效药。

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​了解代谢组学的伙伴们都知道，取一小块动物、植物组织做代谢组学实验，就可以知道其中含有哪些物质，但是代谢物在样本上的空间分布信息损失了。

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​ 发表期刊：Nature Communications 影响因子：12.353 发表时间：2019年 合作单位：第三军医大学附属西南医院 今天百趣代谢组学将给大家分享Nature Communications上的一篇文章：ABHD5 blunts the sensitivity of colorectal cancer to fluorouracil via promoting autophagic uracil yield。

苯丙酸和类黄酮的生物合成来调节盐胁迫。 然后作者检测了在HSFB2b过度表达的大豆植株中类黄酮生物合成相关基因的表达。百趣代谢组学分享，在HSFB2b转基因大豆中，类黄酮生物合成的其他调节因子（r2r3myb/bhlh同源基因）被上调，HSFB2B在烟叶分析中激活了GMC4H和GMCHS3的启动子活性（图3d，3f）。因此，HSFB2b可能直接激活黄酮生物合成中gmc4h和gmchs3的表达。 采用液相色谱-质谱联用（LC-MS）法进一步测定了膨大叶片、根系和种子中黄酮类化合物的含量。使用40 mg粉末样品，采用高效液相色谱-质谱法测定黄酮类化合物。采用安捷伦1290无限长液相色谱仪和6550电喷雾四极飞行时间串联质谱仪组成的uhplc-ms/ms系统对提取物进行分析。 分析了叶片中的23种黄酮成分和根和种子中的20种成分。HSFB2b转基因大豆的叶、根和种子中总黄酮含量显著增加（图3h）。综上所述，HSFB2b高表达大豆促进了黄酮类化合物的生物合成。百趣代谢组学分享，黄酮类化合物可能参与了HSFB2b转基因大豆的耐盐性。为了研究黄酮类化合物在盐胁迫下的作用，作者将黄酮类化合物合成的中间产物槲皮素应用于大豆幼苗。盐胁迫处理后，对照植株出现叶片失绿，而槲皮素处理的植株表现出比模拟植株更好的表现（图3i，3j）。 图4gmnac2抑制gmchs1、gmchs4、gmfls1和gmfls2的表达。 作者检测了在HSFB2b过度表达的大豆植株中gmnac2的转录水平。在HSFB2b过度表达的幼苗中，gmnac2的表达显著下调（图4a）。为了了解gmnac2与类黄酮生物合成的关系，对转基因毛状根中类黄酮生物合成相关基因的表达进行了检测。百趣代谢组学分享，作者发现在高表达gmnac2的毛状根中类黄酮生物合成相关基因的表达减少（图4b）。同时，芯片qpcr分析显示gmnac2最有可能与gmchs1、gmchs4、gmfls1和gmfls2的启动子结合，因为芯片信号在35s-gmnac2-gfp转基因毛状根中比在35s-gfp根中丰富（图4c）。此外，GMNAC2在烟叶分析中抑制了这些基因的启动子活性（图4d，4e）。这些结果表明HSFB2b抑制gmnac2的表达，释放类黄酮生物合成，具有抗盐胁迫作用。 图5大豆驯化过程中选择的与耐盐性相关的HSFB2b启动子单倍型。 在HSFB2b启动子区鉴定出4个单倍型，并且从野生大豆添加y20中挑选出的单倍型ii显然是在驯化过程中用于栽培大豆的耐盐性和/或种子性状（图5）。百趣代谢组学分享，使用KF（具有单倍型IV）和NN（具有单倍型II）之间的交叉衍生的RIL群体进行关联分析进一步支持具有单倍型II启动子的HSFB2b与耐盐性相关的建议（图5g）。 单倍型ii启动子的变异可能为盐胁迫下HSFB2b基因的诱导提供了新的蛋白质组合和连接，从而使大豆具有更好的适应性生长。值得一提的是，单体型Ⅱ型HSFB2b启动子在中国东北地区到黄淮海地区的栽培大豆品种中广泛存在，这可能是由于选择的缘故，尽管黄淮海地区的一些省份的大豆品种可能仍然存在。通过引入单倍型进行改进ii HSFB2b启动子。 值得注意的是，野生大豆y55的iii型HSFB2b启动子在盐胁迫下具有最高的启动子活性，可能具有更好的耐盐性，但在栽培大豆中的分布频率仍然很低。百趣代谢组学分享，这种罕见的iii型HSFB2b启动子可作为驯化过程中下一波选择的靶点。通过育种将这种罕见的单倍型引入大豆品种，可以进一步提高大豆在盐胁迫下的表现，从而在不利条件下获得较好的产量。 结论 总之，作者从野生大豆中鉴定出一种b型热休克因子HSFB2b，该蛋白通过直接和/或间接促进类黄酮生物合成而赋予大豆耐盐能力。在驯化过程中选择了HSFB2b基因的Ⅱ型启动子，盐胁迫下活性最高的稀有Ⅲ型HSFB2b启动子可能是下一轮大豆育种选择的目标。

经上海市科学技术委员会批复同意组建，由上海市民政局审批，上海百趣代谢组学技术研究中心正式成立。上海百趣代谢组学技术研究中心将联合科研单位、相关企业，共同推动代谢组学技术研究在检测方法、分析方法、检测仪器和数据库标准化方面的进步，促进代谢组学研究领域的技术发展。

线上直播 | 高深度蛋白质组学在精准医疗的应用

​代谢组学分享，上海交通大学附属瑞金医院宁光院士团队在Nature Medicine在线发布中国人肥胖的肠道菌群的较新研究，发现一系列丰度显著异于正常体重人群的肠道共生菌，其中多形拟杆菌（BT菌）口服可降低小鼠血清谷氨酸浓度，增加脂肪细胞的脂肪分解和脂肪酸氧

​ The American Journal of GASTROENTEROLOGY (IF=10.241) 10位原发性硬化性胆管炎患者的粪便微生物移植：一个试点的临床试验

​今天小编要和大家分享的是BIOTREE协助客户发表在Microbiome上的关于土壤抗性遗传的一篇文章。 发表期刊：《Microbiome》 影响因子：9.133 合作单位：南京农业大学