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写Paper时我们经常说字不如表，表不如图，但百趣代谢组学的小趣觉得我们做组学分析经常用到一些图（如热图、网络图等）有的时候也不一定能展示出我们想要目的。 举个例子：如果我们想看检测到的代谢物种类及其含量在样本中的空间分布是怎样的。那这个要如何作图呢？小趣最近就看到了一篇能解开这个谜底且非常interesting的文章（IF=17.872），文章题名：Three-Dimensional Microbiome and Metabolome Cartography of a Diseased Human Lung。 鉴于人体器官的大小和异质性以及相关代谢组和微生物组的复杂性，导致科学家现在对整个人体器官的化学和微生物组成空间变化的理解仍然有限，所以该文章的作者们就开发了一个跨越性的研究流程，通过研究囊性纤维化（CF）患者肺代谢组与微生物组，将代谢组

近年来，代谢组学中关于肠道菌群研究，不仅高关注，而且高分。前不久，小编分享了一篇肠道菌群与癫痫疾病相关的文章。这次，它又跟自闭症谱系障碍（ASD）“好”上了，还不快跟小编一起来八卦一下。

这种新开发出的glucagon/T3分子将T3选择性地运送到肝脏中，因而在几天内安全地改善饮食诱导的肥胖小鼠体内的胆固醇代谢。这种分子进一步地降低体重，阻止非酒精性脂肪肝，并改善葡萄糖代谢，同时不会产生T3给心脏和骨骼带来的有害影响。百趣代谢组学解读，显著的是，这种分子不能够改善仅肝脏中缺乏胰高血糖素受体或者缺乏甲状腺受体的小鼠体内的代谢，这就证实这种新分子的肝脏特异性信号的特异性。

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本研究主要发现：在脓毒症患者血浆中存在10种与28天病死率相关的代谢物；4种与院内病死率相关的代谢物；22种与90天病死率相关的代谢物。这些差异代谢物可以为后续脓毒症相关病理生理机制的研究提供启发。团队同时建立了28天病死率、院内病死率和90天病死率等3个模型，为脓毒症的预后及治疗提供了新的思路。

本手册涵盖了用于代谢组学、蛋白质组学等组学检测常见的植物组织鲜样样品、植物组织干燥样品、细胞（菌体）样品、液体样品、土壤样品的取样收集步骤，其中包含了样品的选择、样品收集操作详细流程和样品量及生物学重复。

褪黑素可以维持昼夜节律并调节免疫功能，也分布在胃肠道，在局部发挥重要的抗氧化和抗炎功能，并调节肠道运动。然而，口服褪黑素会引起一些不良反应，因此希望找到一种局部诱导褪黑素合成的方法，以避免当其用于消化系统疾病治疗时的不良影响或激素紊乱的风险。作者以前的研究结果表明，Roseburia hominis的丰度与结肠粘膜褪黑素的表达呈正相关，然而是否调节肠道褪黑素表达及其潜在机制尚不清楚。在本研究中，利用无菌大鼠和EC模型BON-1来确定Roseburia hominis与褪黑素之间的关系，以及涉及丙酸盐、丁酸盐、5-HT和磷酸化cAMP反应元件结合蛋白（p-CREB）-AANAT途径的具体机制。研究这些方面可能为IBS或炎症性肠病提供新的治疗策略。-百趣代谢组学解读

此外，这些代谢物可以区分不同器官受累程度的SLE，提示了这些代谢物涉及到的代谢组学代谢通路紊乱，特别是氰氨基酸代谢、氨酰trna生物合成、半胱氨酸和蛋氨酸代谢，可能与SLE和器官损伤的发病机制有关。这些研究结果将为SLE的精确诊断和治疗提供新的生物标志物，并为理解SLE不同疾病表型的发病机制提供潜在的线索。

番石榴(Psidium Guajava)，是一种营养丰富的热带水果，大小、形状各异，含有较多的抗氧化化合物，如维生素C、多酚和类胡萝卜素。尽管番石榴有非常高的营养价值和保健价值，但与其相关综合研究甚少，特别是番石榴成熟过程中的生物化学和分子机制研究。

大豆产量取决于根瘤固氮和氮施肥的综合作用，而大豆根系暴露于高浓度氮条件下，可抑制根瘤生长，加速根瘤衰老，降低固氮的效率。氮影响豆科作物结瘤和固氮的具体机制尚不清楚。为研究大豆中氮、结瘤与固氮的关系，采用嫁接法制备了单侧结瘤的双根大豆植株。在第3个三叶(V3)至第4个三叶(V4)生长期(5天)，向非结瘤侧添加氮营养液，在结瘤侧添加无氮营养液。百趣解读，本实验旨在研究外源氮对大豆根瘤中蛋白质和代谢物的影响，为分析大豆根瘤中施氮与固氮相互作用的生理机制。

阿特拉津(ATZ)是一种世界范围内广泛使用的除草剂，广泛用于防治高粱、玉米、棉花等作物种植中的禾本科杂草。人类可以通过饮用水和饮食等途径暴露ATZ。前期研究表明，ATZ可在较低的浓度下促进MCF-7乳腺癌细胞增殖，但其相关机制尚不清楚。本研究利用多组学结合分子生物学技术阐明环境相关浓度下ATZ暴露对MCF-7增殖的影响及可能的分子机制，为内分泌干扰物引起的毒性机制提供新见解。

通过社会互动传播的蜜蜂肠道微生物群有益于宿主健康。虽然微生物群落相对稳定，但已在蜜蜂中检测到个体差异和高应变水平多样性。尽管蜜蜂肠道菌群结构受环境因素的影响，但肠道成员的遗传性和宿主遗传学的贡献仍然难以捉摸。

研究探讨了Fe3O4和ZnO纳米颗粒对烟草幼苗生长和镉响应的影响。叶片暴露于Fe3O4和ZnO纳米颗粒对缓解Cd胁迫下植物的生长具有很大的潜力。Fe3O4和ZnO纳米颗粒对生物碱、氨基酸、黄酮类等关键代谢途径进行了重新编程，而参与这些途径的差异代谢物与植物生长密切相关。这项研究能够促使我们更了解Fe3O4和ZnO纳米颗粒是如何重新编程代谢组谱的，并为使用纳米颗粒改善Cd污染土壤上的烟草生长提供新的见解。

8月，BIOTREE在代谢组学方向共收录17篇客户文章，总影响因子：190.228，最高影响因子：69.504，IF>5分有14篇，发表杂志有Nature、Nature Metabolism、Nature Communications、Clinical Immunology、International Journal of Biological Macromolecules、Current Research in Food Science等各研究领域主流期刊。快来看看有没有和你研究方向相关的吧~

为了全面分析METTL5在HCC中的功能，作者同样的对HCC细胞中的METTL5进行了敲低处理（图3a）。在体外试验中，METTL5敲低的处理使得HCC细胞的生长能力和集落形成能力均有所降低（图3b-d），除了增殖表型之外，METTL5的缺失对HCC的凋亡以及细胞周期均产生了不良的影响（图3e-l），结合上文的过表达数据，表明METTL5确实对HCC细胞起到了促进的作用。

近年来，随着生命科学的研究和不同组学技术的迅速发展，多组学概念也应运而生，该概念认为基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、相互作用组学、影像组学在不同的分子层面诠释着生命的本质，而这些不同层面的分子具有千丝万缕的联系协同贡献到生命活动及疾病的病因、发展和结果。多组学数据之间的整合不仅为基础研究及临床应用提供可供参考的数据信息，还可以为人们提供更为广阔的视野，加深人们对生物现象及疾病发生发展的全面认知。

微米塑料颗粒 (MPs) 和纳米塑料颗粒 (NPs) 在水环境中无处不在，水生生物可以摄入MPs和NPs。据报道，在鱼类的消化道、皮肤和鳃中检测到MPs，而较小的NP可能会进入生物细胞，研究发现MPs和NPs对水生生物器官有依赖性毒性作用。

面向对象的LC-MS数据可重复分析计算框架，来自斯坦福大学遗传系的研究成果。它成功解决LC-MS数据分析中可重复性、可追溯性和透明度的痛点，基于R语言的综合计算框架，可以实现LC-MS数据的可追溯、可共享和可重复的数据处理和分析工作流程。

文章标题：Impact of prolonged withering on phenolic compounds and antioxidant capability in white tea using LC-MS-based metabolomics and HPLC analysis: Comparison with green tea

蜜蜂拥有一个简单且具有宿主特异性的肠道菌群，该微生物群与宿主发生了特定的相互作用，有助于其宿主的代谢健康，而细菌共生体对宿主神经功能的影响仍不清楚。本研究建立了具有不同肠道细菌的单菌定植蜜蜂，以阐明蜜蜂肠道成员对宿主代谢和神经功能的不同作用。该研究结果证明了单个蜜蜂肠道物种是如何影响宿主行为的，突出了对蜜蜂神经生物学和生理状态重要的肠道-大脑连接。